1245年（寛元3）三田井城主高千穂政信の建立と伝えられる。1656年（明暦2）、1760年（宝暦10）、1806年（文化3）に再建し1871年（明治4）と1907年（明治40）に集落の小社を合祀し熊野鳴瀧神社と改称した。参道は高さも幅も小さい石段が200段以上も続いており、この神社の雰囲気をかもし出している。

熊野鳴瀧神社上宮の奥に「熊野鳴瀧神社上宮滝」がある。